Doç. Dr. Şafak Nakajima, lise eğitimini, burslu öğrenci olarak ABD’nin Minneapolis şehrinde St. Louis Park Senior High School’da tamamladı. Tıp eğitimini Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde aldıktan sonra, zorunlu hizmetini Kahramanmaraş’ta Aile Planlaması ve Ana-Çocuk Sağlığı hekimi olarak yaptı. Hacettepe Üniversitesi ve Dr. Sami Ulus Çocuk Hastanesi Çocuk Cerrahisi bölümüne kabul edilen ilk kadın doktor oldu ve iki yıl süreyle Çocuk Cerrahisi uzmanlık eğitimi aldı. Klinik Mikrobiyoloji alanında uzmanlığını Akdeniz Üniversitesi’nde, Viroloji alanındaki doktorasını ise Japonya’daki Osaka Üniversitesi’nde tamamladı. 1991 yılında, T.C. Üniversitelerarası Kurulu tarafından düzenlenen sınav ve değerlendirme sonucunda doçent unvanını kazandı.

Meslek hayatının klinik ve laboratuvar odaklı yıllarında, modern tıbbın zihin, beden ve sosyal bütünlüğü göz ardı eden yaklaşımındaki eksiklikleri fark etti. Bu farkındalık, onu uzun yıllar süren nitelikli eğitimler almaya ve kendi biyopsikososyal bütüncül tıp modelini geliştirmeye yönlendirdi. Bu süreçte Institute NHC Doğal Tıp ve Bilinçli Yaşam Programı, ToDo Institute Morita ve Naikan Japon Psikoterapileri, Yıldız Teknik Üniversitesi Aile Danışmanlığı, Wisconsin Üniversitesi Matem ve Travma Danışmanlığı, Vermont Üniversitesi Yaşam Sonu Destek Danışmanlığı, Pekin Çin Tıbbı Üniversitesi Geleneksel Çin Tıbbı ve Akupunktur (T.C. Sağlık Bakanlığı onaylı) gibi birçok eğitim programını tamamladı. 

Felsefe lisans eğitimini İstanbul Üniversitesi (AUZEF), sosyoloji lisans eğitimini ise Anadolu Üniversitesi’nde aldı. Memorial Sağlık Grubu Zorlu Wellness’ta stres ve öfke yönetimi, bilinçli yaşam ve özgüven konularında bireysel eğitim seansları düzenledi. Tıp, psikoloji, felsefe, sosyoloji ve bilim konularında yazdığı makaleler, sosyal medya platformlarında geniş bir okuyucu kitlesince takip edilmektedir. 

Endişesiz İlaçsız, Aklın Kutsal Kitabı, İlişkilerin Karanlık Kuyuları ve Benlik Aynasına Bakmak kitaplarının yazarıdır.
Hasta ve danışanlarının zihin, beden ve sosyal sağlık sorunlarını, modern tıp ile bilimsel ilaçsız tedavi yöntemlerini bir araya getirerek ele alan bütüncül bir biyopsikososyal tıp doktoru olarak özel muayenehanesinde hizmet veriyor.

Japon bir beyle evli olup, iki kızı ve bir erkek torunu vardır.